ويضم المجلس في عضويته الأستاذ الدكتور محمد عثمان الخشت رئيس جامعة القاهرة بجمهورية مصر العربية، والأستاذة الدكتورة أماني لوبيس رئيسة جامعة شريف هداية الله بإندونيسيا، والدكتور محمد خليل وزير الشؤون الدينية سابقاً في تونس والأستاذ الدكتور رضوان السيد «أستاذ زائر في جامعات هارفارد وشيكاغو سابقاً» أستاذ الدراسات الإسلامية في الجامعة اللبنانية بلبنان والأستاذ الدكتور إسماعيل كتبخانة عميد كلية الآداب والعلوم الإنسانية الأسبق أستاذ علم الاجتماع في جامعة الملك عبدالعزيز بالمملكة العربية السعودية والدكتور إريك جفروا رئيس قسم الدراسات العربية في جامعة ستراسبوغ بفرنسا.
كما يضم المجلس في عضويته الدكتور عارف نايض مستشار رئيس لبرنامج محادثة الأديان في جامعة كامبردج في كلية اللاهوت بالمملكة المتحدة وأستاذ سابق لدى المعهد البابوي للدراسات العربية والإسلامية في روما ومدير عام مؤسسة البحوث والإعلام (Krm) والأستاذ الدكتور جون واتربوري الرئيس السابق للجامعة الأمريكية في بيروت وأستاذ سابق في جامعة نيويورك بأبوظبي.
ويقوم المجلس العلمي الأعلى بتقديم المقترحات الرامية إلى جعل الجامعة مركزاً أكاديمياً عالمياً.
ويختص بالمهام التالية وهي تكريس الدور الأكاديمي والحضاري للجامعة لتكون مركزاً أكاديمياً عالمياً مرموقاً في مجال العلوم الإسلامية والإنسانية.
كما يختص بتطوير السياسة العامة والخطط الاستراتيجية للجامعة بما يمكنها من تنفيذ خططها والاستجابة للمتغيرات والتطورات الحاصلة على الصعيد الأكاديمي والعلمي والعملي، وكذلك تعزيز وتوثيق العلاقات والروابط الثقافية والعملية بين الجامعة والمؤسسات الأكاديمية والعلمية المتميزة داخل الدولة وخارجها وصياغة أفضل السبل لتحقيق ذلك.
ويعمل المجلس على إيجاد وتوثيق الصلة بين الجامعة ومؤسسات المجتمع المدني بما يعود بالفائدة على كافة الأطراف وصناعة تخصصات وبرامج أكاديمية جديدة في نطاق التخصصات التي يتيحها قانون الجامعة، بالإضافة إلى تطوير وتحديث البرامج والمناهج الأكاديمية بما يواكب روح العصر ويستجيب للتحديات ويتوافق مع متطلبات سوق العمل.
كما يختص المجلس بتطوير وتحديث اللوائح والسياسات الأكاديمية، وفقاً لأفضل الممارسات المتبعة عالمياً وتطوير المجالات الأكاديمية والعلمية والعملية وتطوير الجامعة وتحسين عملها ورفع أدائها.