حققت حديقة الحيوانات بالعين العديد من الإنجازات في مجال صون الحياة البرية حتى أصبحت موطناً آمناً لأكثر من 4000 حيوان، وعلى مدى العقود الماضية أصبحت من المؤسسات الرائدة في مجال إكثار الأنواع المهددة بالانقراض.
ساهمت الحديقة في إكثار حيوان المها العربي ضمن مجموعات حيوية حتى وصلت أعداده إلى ما يزيد على 287، ونجحت في إكثار قط الرمال العربي حتى وصلت أعداده في عام 2015 إلى 36 قطاً رملياً، كما أجرت دراسة حول الطيور المهاجرة إلى جانب دراسة أنواع الفراشات البرية لتحديد وفرتها وتعزيز بيئتها.
وشاركت الحديقة في وضع استراتيجيات صون غزال الداما الإفريقي (2019-2028) للحد من مخاطر انقراضه بالتعاون مع جهات ومنظمات على المستوى المحلي والإقليمي والعالمي.. ويعتبر غزال الداما مهدداً بالانقراض بشدة حسب تصنيف القائمة الحمراء للاتحاد العالمي لصون الطبيعة IUCN، ويوجد في الحديقة ما يقارب 180 غزالاً تنتمي إلى نوعين من الداما هما أدرا، والمهر.
وعلى نطاق الغطاء النباتي تضم الحديقة بنكاً للبذور يحوي ما يقارب 40 نوعاً من البذور تم جمع معظمها من النباتات الموجودة في الحديقة، أشهرها نبات الغضف أو النخلة القزمة أحد أنواع النباتات المحلية المهددة بالانقراض الذي نجحت الحديقة في إكثاره، وتعتبر من الأنواع البطيئة في النمو والتي تستغرق عدة شهور للإنبات، وتسعى الحديقة لإكثار هذا النوع من النباتات المحلية وغيرها الكثير بغرض الحفاظ عليها من الاندثار.
ولا تقتصر رسالة الحديقة على الجانب البحثي والاختصاصي فقط، إنما تقوم أيضاً بتوعية المجتمع من خلال دعم الجانب المعرفي العام بتنظيم أنشطة متعددة على مدار العام مثل المخيمات واستضافة فعاليات الجهات المختلفة، والظهور الإعلامي وإنتاج الإصدارات الثقافية والتعليمية والأكاديمية لتعريف المجتمع المحلي والدولي بأهمية حماية الحيوانات والنباتات المهددة بالانقراض للحفاظ على التنوع البيولوجي وصون الطبيعة.